ビューワーを起動する前にターミナルを開いて、システムに32ビット用ライブラリをインストールします。
sudo apt-get install ia32-libs ia32-libs-gtk ia32-libs-sdl
そしてビューワー(バージョン3.3.2)を起動してログインすると、オブジェクトが所々チラチラ点滅して画面が不安定な感じです。音は鳴りますが土地の音楽が再生できません。。。しばらく使ってるとXウィンドウごと落ちてしまいました><
あとXfceの外観の設定で視覚効果を有効にしてない状態でビューワーを起動すると、ビューワー上に表示されたダイアログとかが点滅して、とてもログインできる状態じゃなかったです。
Linuxに付属のIntelのビデオドライバがダメなんでしょうか? それともXウィンドウで何か設定がいるんでしょうかね? Windowsだとビューワーのグラフィック設定がAtmospheric shadersのところまで設定可能なんですが、Xubuntuはほとんどグレーになって設定できなくなってます。
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下のはCool VL Viewerと64ビット版Imprudenceのグラフィック設定画面です。


どちらもバージョン1系ビューワーですが、ログインすると32ビットのCool VL Viewerは公式と同じく画面が不安定で落ちました。
64ビットのImprudenceは落ちなかったんですけど、他のビューワーはたぶん32ビット版しか出てないので、とりあえず今度は素直にLinuxを32ビット版にインストールし直したほうがいいんじゃないかなって思いました。。。^^;
8月27日追記: ビューワーを3.3.4にアップデートしたらチラつきが無くなりました^^